2012年2月，因受到地面渣土堆放的影响，南京地铁2号线金马路段的隧道结构出现了变形。虽然变形在可控范围之内，但为消除安全隐患，近期地铁部门将对变形隧道进行加固修复。修复期间，地铁2号线将分为3段运营。
地铁部门介绍，地铁2号线马群到金马路区段的埋深比较浅，而此前金马路站附近的渣土堆正好压在地铁二号线隧道的正上方，所以隧道很容易受到地面堆积物的影响。地铁部门通过专业仪器检测发现，金马路站地下大约50米长的隧道已出现变形，隧道表面出现小裂缝。虽然隧道变形在可控范围之内，对地铁的营运不会造成影响，但考虑到今后的运营安全，还是需要对隧道进行加固修复。
目前，通过招标，隧道加固修复的方案已经初步确定，具体施工日期及施工期间的运营方案也已经制定完毕，正在报批。待近期批复后，将立即进场施工，修复时间暂定为15天。
为了减少修复对南京市民出行造成的不便，地铁部门也进行了许多准备工作，如车站及列车上报站音需要重新录制、车站张贴出行提示等。近期，乘坐地铁2号线出行的市民，可多关注地铁站内张贴的提示。
根据初步的运营方案，在金马路站至马群站隧道修复期间，受到进场施工影响，2号线将分成3段来运营。
油坊桥站—金马路站及学则路站—经天路站实行双向运营，学则路站—金马路站采用单边双向运营，主城来往仙林地区的乘客需要根据工作人员的指引在金马路站和学则路站进行相应的换乘。由于学则路站—金马路站采用单边双向运营，这段区间候车时间也会变长，候车间隔时间将增至10多分钟，南京市民要注意提前出行。